L'État Français a privilégié une politique contractuelle en ce qui concerne la gestion des sites Natura 2000. Actuellement, il existe trois outils contractuels pour la mise en œuvre des actions de gestion des milieux naturels prévues dans le Document d’objectifs (DOCOB) du site :
- les Contrats Natura 2000 (hors milieux de production agricole) :
- les Chartes Natura 2000 (tous milieux et pour les propriétaires)
- les Mesures Agro-Environnementales Climatiques ou MAEC (pour les milieux de production agricole uniquement)